L'île de Holbox se situe là où le golfe du Mexique rencontre les Caraïbes, et ses lagunes côtières peu profondes abritent l'une des populations de plancton bioluminescent les plus fiables de l'hémisphère occidental. Le phénomène dépend des dinoflagellés — des organismes unicellulaires qui produisent un flash bleu-vert lorsqu'ils sont perturbés par le mouvement. Punta Cocos, la pointe nord-ouest de l'île, offre les ciels les plus sombres et les eaux les plus calmes, ce qui en fait le point de départ privilégié pour les excursions en kayak pour voir la bioluminescence de Holbox qui opèrent toute l'année, avec une visibilité maximale de mai à octobre, lorsque les concentrations de plancton atteignent leur apogée. L'île elle-même est restée largement isolée jusqu'aux années 1960, accessible uniquement par bateau de pêche, et sa population permanente tourne toujours autour de deux mille habitants. Cet éloignement a préservé les écosystèmes d'eau peu profonde — canaux de mangrove, herbiers marins, bancs de sable — qui abritent les efflorescences planctoniques. Contrairement aux sites côtiers compromis par les lumières des ports ou le ruissellement agricole, Holbox maintient une obscurité quasi totale après le coucher du soleil, une condition qui intensifie la visibilité bioluminescente. Le gouvernement mexicain a désigné les eaux environnantes comme faisant partie de la réserve de biosphère de Yum Balam en 1994, restreignant le trafic motorisé dans les zones critiques et limitant la taille des groupes de touristes à douze pagayeurs par guide. Les kayaks ont remplacé les embarcations motorisées comme moyen de transport standard pour l'observation nocturne au début des années 2000, à la fois pour des raisons écologiques — les pagaies remuent moins de sédiments et ne produisent aucun résidu de carburant — et pour des raisons d'expérience : le silence permet aux visiteurs d'entendre le léger crépitement de l'eau lorsque le plancton s'illumine autour de la coque. Les guides partent de Punta Cocos entre vingt et vingt-trois heures, synchronisant les départs avec les phases de nouvelle lune lorsque l'interférence de la lumière ambiante tombe à près de zéro. L'itinéraire longe la côte vers l'est sur environ deux kilomètres, puis revient par des canaux intérieurs où les racines de mangrove créent des poches abritées de plancton concentré. Les nuits sans vent, la surface devient un miroir, et les pagayeurs rapportent voir des traînées bioluminescentes reflétées dans le champ d'étoiles du ciel, un dédoublement déroutant qui efface la frontière entre l'eau et l'atmosphère. La plupart des excursions en kayak pour la bioluminescence à Holbox durent deux heures, bien que certains opérateurs prolongent la sortie jusqu'à trois heures pour des pauses d'observation des étoiles sur des bancs de sable en eau libre.